Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图

采用cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图

本教程旨在告诉大家如何使用cytoscape根据Node资讯表格制作带有barplot资讯节点的网络图。以安装资料夹下的样例资料为例。

软件安装(装过请跳过)

Cytoscape安装Cytoscape 同样有适用于不同操作平台的版本，安装方法不尽相同。所有的版本都可以从 http://cytoscape.org/ 网站下载。Windows系统下双击exe应用程序开始安装；Linux和Mac OS X系统执行sh档案安装。

开启Cytoscape

1. 开启cytoscape并载入一个网络。

从主选单选择 File → Import → Network → File…, 然后选择安装资料夹下的sampleData资料夹里的galFiltered.sif资料并载入。

2. 采用Network Analyzer产生一些节点或边的统计量。

从主选单选择 Tools → Network Analyzer → Network Analysis → Analyze Network…, 最后点选 OK。计算结果将以常规表格的形式展示在结果部分。此部分也可以根据自己需要汇入Node资讯表格。

3. 制作一个新的Style。

选左侧择控制面板（Control Panel）部分的Style选项卡。点选 Options 按钮（左上方一个下三角形按扭），并选择Create New Style，然后填写一个名字作为你自己的新的style。如style1

4. 显示Image/Chart 1选项

检视Properties面板下是否存在Image/Chart 1 选项，如果没有，可以通过Properties下拉选项来新增，步骤为Properties → Paint → Custom Paint 1 → Image/Chart 1。

5. 单击 Image/Chart 1 选项处预设格子以开启Graphics 会话视窗。

6. 单击Chart选项，并确认Bar chart选项已经被选择。若想制作pie图，此处选择pie chart选项。

7. 现在你可以根据自己需要来选择Node table中要展示的资料了。Available Columns视窗展示了所有可以用于作图的资料。首先单击Remove All 按钮移除当前所有被选择的列（预设情况下，cytoscape会选择Available Columns的第一列）。

然后从Available Columns选择所有的Betweennesscentrality、ClosenessCentrality性质和ClusteringCoefficient列，并单击新增按钮，资料将被新增到右侧的选择列视窗。

8. 点选右下角的Apply应用按钮，被选择的资料将以bar plot的形式展示在节点上。

9. 修改结点颜色和形状

从图上可以看出圆形的节点并不适合展示bar plot图，因此我们可以将节点的形状改为正方形，填充颜色改为白色。方法为左侧属性中的Fill Color和Shape选项，最左边的按扭进行点选修改。

10. 检视结点

单击选择一个节点，选中时为黄色高亮。并选择上面工具栏中Zoom selected region放大检视细节（点选旁边的Zoom out挖扭退回检视完整网络），也可以根据节点名字从右上方的搜寻框搜寻感兴趣的节点。

11. 根据自己需要改变一些预设引数

再次单击 Image/Chart 1 选项处预设格子以开启Graphics 会话视窗。选择左下方的 Options按钮，然后可以根据自己需求设定颜色、标签、展示或者隐藏座标轴、改变线宽和增加bar之间的距离。选择Show Domain Axis 和 Show Range Axis选项并在此点选应用，我们可以看到bar plot增加了x轴和y轴。

12. 修改美化bar图标签

此时我们看到bar预设的label在图上显示出来并不好看，实际上我们可以根据自己需要来改变此标签。在Table面板(网络图下方)处，我们点选加号，选择 New List Column → String，并命名为domain_labels。在新增加列(托到下方滚动条至最右端)的任意单元格双击进入编辑模式，然后键入[“Bet. Cent.”,”Closen. Cent”,”Clust. Coeff.”,”Topol. Coeff.”]，然后右击相同的单元格，选择Apply to entire column。

再次开启bar plot编辑面板，选择Options按钮，在Domain Labels Column 下拉框中选择 “domain_labels”列，在Domain Labels Position下拉框中选择UP 45度，然后应用。结果如下图所示。

参考文献http://manual.cytoscape.org/en/stable/Styles.html

猜你喜欢

系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组 宏基因组

专业技能：学术图表高分文章生信宝典 不可或缺的人

一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树

必备技能：提问 搜寻 Endnote

文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical

扩增子分析：图表解读 分析流程 统计绘图

16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun

线上工具：16S预测培养基 生信绘图

科研经验：云笔记 云协作 公众号

程式设计模板: Shell R Perl

生物科普: 肠道细菌人体上的生命生命大跃进 细胞暗战 人体奥秘

写在后面

学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”