为了要处理超高分辨率医疗图像资料,Google开发了一种空间资料分区(Spatial Partition)技术,在不牺牲图像分辨率的条件下,分析超高分辨率图像。Google使用Mesh-TensorFlow框架,大幅度推进极大量资料与模型平行化的处理能力。
Google提到,虽然大型卷积神经网络(CNN)模型现在可以在数分钟内,使用数百万个图像资料进行训练,但是要在卷积神经网络上,处理3D断层扫描这类超高分辨率图像,仍然充满困难。使用现有技术,内存需要托管至少32GB的中介资料,但是单个GPU或是TPU通常只有12到32GB的内存,而典型的处理方式,是分开处理图像的补丁,不过这种方式却会因为部分资讯缺失,使得效能不佳且实作复杂。
Google与Mayo Clinic合作发展的最新技术,能够突破这些限制,研究人员实作了Halo Exchange算法来跨空间分区处理卷积运算,以保留相邻分区的关系。Google以Mesh-TensorFlow作为基础,实作了高效能资料和模型平行运算。Mesh-TensorFlow是一个专门用于分散式深度学习的语言,可以根据用户定义的图像布局(Layout),分割张量到装置网状网络中。
Google举例,当用户以256个处理器建立16乘16的计算网状网络,每个处理器内建两个核心,使用者可以定义布局,将图像对应到计算网状网络(下图),图像空间维度X对应到处理器列(Row)上,而将图像的空间维度Y对应至处理器行(Column),批次处理的维度也就是要同时处理的图像分割(Segment)数,则对应到核心上。不过,Google表示,由于分区和训练批次的分布,是在张量层级实作,因此实际上用户不需要担心这些实作细节。
在图像执行卷积运算,通常会使用超出影格边缘的过滤器,虽然在只处理单个图像的时候,有需多方法可以解决这个问题,但是标准方法并没有考虑,超出影格边缘的分割图像资讯,仍然是有用的资讯,Google提到,为了获得准确的结果,对经空间分区且于处理器间重新分散的图像,进行卷积运算,必须考虑每个图像分割的邻居。
Google的解决方案是实作称为Halo Exchange的算法,来处理图像分割邻居间的资料交换;在每次卷积运算之前,每个空间分区都会与邻居交换边距,以便有效地在边缘扩展图像分割。接下来,卷积运算会局部地应用到每个装置上,确保整个图像的卷积网络结果,无论有没有空间分区都是相同的。
借由这个技术,研究人员现在能以256向的模型平行化(Model Parallelism),使用每个维度超过512像素的3D图像,来训练3D U-Net,研究人员也已将这个框架用在肝肿瘤断层扫描上,证明其可行性。同时Google也释出基于Mesh-TensorFlow的框架,供研究社群使用。
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