如今Linux基金会的执行董事Jim Zemli发表文章对这一协议表示反对。他指出，“该和解协议的核心是FAT文件系统”。对于微软曾经承认FAT文件系统“可以很简单找到很多技术代替者”的看法，Zemlin指出“Linux基金会在这里能够帮助有关当事人进行技术合作，移除他们现有产品上正在使用的FAT文件系统，或许现在是开发者减少使用微软技术，并将FAT从产品中移除的时候了。”
问题是现在FAT普遍存在，有着深远的影响：USB闪存；手机，MP3，游戏主机和数码相机上使用的内存卡，甚至其他操作系统，Linux就是其中一个，都支持FAT。
当前存在着许多文件系统，Linux下的ext3, XFS, JFS, 和 ReiserFS；微软的Windows甚至已经从FAT迁移到NTFS。尽管其他一些文件系统比FAT更加先进，可以追溯到70年代中期的FAT依然使用得最广泛。
Linux基金会是否确定这个趋向是他们所希望的？这个趋向是否是微软从一开始就希望Linux去选择的？使得Linux和大量的设备不兼容？
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